Две территории - Государственный природный заповедник «Нижне-Свирский» и заказник «Мшинское болото» - имеют федеральное значение. Это означает, что они находятся в подчинении федеральных органов власти, а их финансирование производится из федерального бюджета. Федеральный статус этих ООПТ связан с их особенно высокой природной ценностью. За управление «Нижне-Свирским» заповедником отвечает государственное учреждение «Нижне-Свирский государственный заповедник», за управление заказником «Мшинское болото» - Управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзора) по Ленинградской области. Государственный природный заповедник «Нижне-Свирский» образован с целью сохранения и изучения уникальных природных комплексов южного Приладожья. Заповедник включен в список водно-болотных угодий международного значения. Нижне-Свирский заповедник представляет собой природоохранное, научно-исследовательское и эколого-просветительское учреждение. Его основными задачами являются охрана территории и акватории, направленная на сохранение биоразнообразия и поддержание природных комплексов и объектов в естественном состоянии, организация и проведение научных исследований и экологического мониторинга, экологическое просвещение, а также содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей среды. Государственный природный заказник федерального значения «Мшинское болото» образован с целью сохранения крупной водно-болотной системы с огромными запасами пресной воды. Как и «Нижне-Свирский» заповедник, заказник «Мшинское болото» включен в список водно-болотных угодий международного значения. Основные задачи заказника - сохранение, восстановление и научно обоснованное регулирование численности ценных охотничьих животных, сохранение редких и исчезающих видов и среды их обитания, поддержание общего экологического баланса. В задачи заказника также входят фенологические наблюдения, ведение «Летописи природы» и организация экологического туризма.